杨光从爷爷家一出来，就去胡同里找妈妈。拧绳厂变成了“胡同里炒鸡店”，除了妈妈，另三个拧绳阿姨都做服务员。她们也不知道妈妈在什么地方，只给他妈妈的电话号码。他给妈妈打电话，妈妈让他到家里找爸爸。他回到棚户区，家里关门上锁。他和爸爸联系不上，不知道爸爸在哪里，在干什么。他在门口等到深更半夜，一辆开着雪亮车灯的越野车停在门前。高大的妈妈从车里下来，打扮得花枝招展香气袭人，就像一座移动的巨型美人广告。假如不从身高和声音上判断，他很难认出是妈妈。妈妈没说她在什么地方干什么工作，只说已经替爸爸还清所有债务。爸爸不再搞试验发明，已将实验室注册为“打假公司”。杨光不知道，自从被爸爸注射了“Ｓ混合剂”，妈妈就不是以前那个妈妈了。她风骚淫荡，整天和各种各样的男人混在一起。她已经和爸爸分居，正准备办理离婚手续。妈妈忏悔自己没尽到责任，执意带他去一个高级豪华的住宅小区，去见一位有钱的叔叔。杨光露出不屑的表情，坚决不去。妈妈接了个神秘电话，顿时变得风情万种。她给儿子留下几叠厚厚的百元大钞，迫不及待地走出门去。杨光仿佛见到毒蛇，急忙用戳子戳起钱追出去，扔进车里。半个月之后回到爷爷家，杨光这才知道，他离开的当天爷爷就去世了。他看过爷爷留给他的遗书，无论如何流不出一滴眼泪。他买了供品，到墓园里祭祀爷爷。那天晚上，他靠着墓碑陪“爷爷”睡觉。天亮后，他为爷爷买来“早餐”供奉，磕完头离开爷爷的“新家”。

和爷爷活着的时候一样，杨光早睡早起，刻苦锻炼体能，然后去早市帮人卸货、装车。干完活拿了工钱，他买了两份油条和豆腐脑，和睡在地下道里的老奶奶共进早餐。他上午去超市和饭店里干零活，下午去书店帮助搬书上架。他走到哪里都有活干有钱挣，有饭吃有书看。只要帮助穷人他就有人缘，每当有人要领养他，他就消失得无影无踪。他的书越读越多，对各种事物不断加深理解。爷爷对他的苦难教育，也堪称那种以荣誉、责任、勇气、自律等一系列价值为核心的的“贵族教育”。爷爷对他反复强调的责任感、成就感和道德观，是让他早日成为国家和民族栋梁。苦难是他的必修课，也是人生常课，缺少苦难的人生不是正常的人生。他的一生不是为了自己而活，而是为了天下的穷人而活，活着的目的是为了天下穷人谋福祉，否则就是白来世上一场，终生得不到幸福和快乐。

那天晚上，杨光梦见爷爷走出墓穴，坐在墓碑前抽烟。为了让他相信自己复活，爷爷指着脚下一片烟蒂说，这就是我活着的证据。杨光扑向爷爷，爷爷一下不见了。他醒后犯了琢磨，爷爷早戒烟了，这个梦还是假的。他又睡过去，爷爷又在梦中出现，说：“我在这边又抽烟了，一天至少两盒。你要想看我，必须赶在太阳出来之前。”杨光一下醒来，仍琢磨这个亦真亦假的梦。即使爷爷不能复活，他也要去爷爷墓地，看墓碑前有没有烟蒂。他跑了十几里路，在太阳出来之前来到墓园，顺水泥台阶拾级而上。爷爷阳世的家极其简陋，却花钱为自己买了一块好墓地。突然，杨光闻到了浓浓的烟草味儿。透过青松翠柏，几丝烟缕袅袅地飘逸出来。墓碑下，果然散落着一片烟蒂！矮小的爷爷果真坐在那里，旁若无人地吸烟。杨光激动万分地大喊一声：“爷爷！”不顾一切地扑了过去。

爷爷有一位老战友叫吴有，在一九三七年七月七日零点之前参加革命。吴有的档案在“文革”中被毁，让整个社会失去了记忆。吴有在狱中被造反派打得失聪，又让自己失去了记忆。吴有虽然已被平反，因为缺少当事人证明，不能确定他参加革命的准确时间，享受不到老红军待遇。吴有给爷爷写信，恳求他务必在有生之年前去作证。遗憾的是，爷爷没等收到老战友的信，就已经去世了。这封信转到杨树房的“打假公司”，他义无返顾地接受了业务，免费为爸爸的老战友圆梦。他穿上爸爸留下来的衣服，染白胡须和头发，化装成爸爸的形象。他日夜兼程，来到吴有居住的城市。老战友在病房里见面，吴有顿时恢复了记忆。有关部门非常重视，很快作出恢复吴有老红军资格的决定。《决定》还没等宣读，吴有就脑溢血复发，再没抢救过来。杨树房又坐了一夜火车，赶回自己的城市。他一下火车就赶往墓地，向爸爸“汇报”事情经过，慰藉他的在天之灵。

不知是不是爷爷在天之灵的有意安排，让儿子以他的形象，和孙子重逢。

爸爸成功地扮演了爷爷，让杨光对爸爸有了亲近感。他一米七〇的身高和知识、坚忍和道义，都是爸爸的骄傲。爸爸一个劲忏悔，说对不起他们母子。爸爸就像爷爷给他讲战斗故事一样，讲述他在打假过程中的种种历险。爸爸个子矮，身体残疾，不引人注意。他利用这些条件，能轻易获取许多重要线索。一次他坐着轮椅深入虎穴，擒贼擒王被誉为独胆英雄，立了大功。杨光虽然做不成爷爷“敢死队员”那样的英雄，却极想做爸爸那样的打假英雄。但是，爸爸坚决不同意。爸爸说要想成功地打假，有时候还得昧着良心造假。以扮假而打假的人，最后都很难证实自己的清白。历史上做过间谍的人，极少获得圆满结局。爸爸也和爷爷一样，在喜欢他时，都跷着脚抚摩他的头。以前他可怜爷爷，现在他可怜爸爸。矮人的一生不知要蒙受多少屈辱、付出多少努力和汗水，才能出人头地。

杨树房不认为儿子的坚忍、道义感和聪明，是所谓“苦难教育”的结果，而是优良基因所产生的必然结果，是科学结晶。为了让杨光受到正规教育，他打通各种关节，让九岁的儿子直接到高中班插班就读。在班级里，杨光不但各科成绩名列前茅，身高也蹿到一米八〇。当他的身高突破科学意义上的极限，杨树房产生了怀疑。他每天测量儿子的身高、骨垢，作详细记录。杨光越长越高，根本不像自己的儿子。仿佛空中悬停一顶绿帽子，随时能扣到自己头上。他只要和儿子做一次亲子鉴定，一切会真相大白。在科学家的求实精神面前，他的自信心彻底动摇。钟玛每次回家，他们都大吵一场，仿佛有深仇大恨。他恶毒地咒骂钟玛是个不要脸的贱货、制造绿帽子的超级裁缝。钟玛咬牙切齿回骂，说他是个十足的窝囊废、只会发明贫穷的发明家、连儿子都分不清真假的冒牌打假英雄。每当吵完，杨树房就忏悔，哀求钟玛别骂他是窝囊废，再别夜不归宿。他表示，不管儿子是不是自己亲生，他都要承担做父亲的责任。钟玛不但继续骂他是窝囊废，而且一个顶俩，甚至以一当十。每当太阳西下，钟玛照旧开始打扮，往身上洒香水。那种浓烈的香水味儿，完全动摇他“闻香知女人”的科学理念。外面响起豪华轿车的鸣笛声，钟玛提着皮包，仪态万方地走出家门。每当这时，杨树房就闭上一只眼睛安慰自己：“睁一只眼闭一只眼，我什么都没看见……”

许多大人物都当过图书馆管理员，杨光也做了业余图书管理员。家里乏味而压抑，他把图书馆当成家。学校只是知识的水族馆，图书馆才是知识的海洋。在知识海洋里，他像小海豚一样自由自在地成长。童年的美好时光，和处于弥留之际一样难以挽留。没过几天，图书馆搬迁到很远的地方。杨光不得不回家，刚回家就有麻烦事。学校刚化验完肝功，爸爸就带他到医院复查。爸爸以复查做借口，带他做亲子鉴定。化验结果出来，他和爸爸没有任何血缘关系！

杨树房戴了十年反革命“帽子”，仍对未来充满信心。他只戴了几天“绿帽子”，就让他万念俱灰。他倾注毕生精力的科研成果，竟被一纸鉴定无情否定、所有努力付诸东流、改造矮人家族的梦想彻底落空。他放下手头的所有大案要案，决心查出谁是杨光的生身之父。一旦查出来，他将严惩不贷！在启动之前，他先征求儿子对这件事情的看法。儿子的态度让他大跌眼镜，不管谁是生身之父，都不影响他做人做事，都改变不了他的人生轨迹。就和所有的穷人都是他的亲人，谁把他带到人世，谁就是生身之父，因为人无法选择自己的爸爸妈妈。

儿子的态度，半点也没动摇杨树房的决心。他的排查范围越来越小，几个具体人物逐渐浮出水面。如同一场竞选亲子的大奖赛，冠军即将在候选人当中产生。钟玛答应杨树房，要为冠军揭晓。关键时刻，杨树房的眼睛突然失明。他怀疑有人害怕自己身败名裂，对他进行暗算。为他治疗的眼科医院，是他的关系单位。他曾为这家医院购进的一大批假药、假器材取过证，挽回了巨额资金损失。医院派最好的医生、使用最好的医疗器械、最好的药品为他医治眼疾。专家为他诊断，是患上了心因性假性失明，安心休息一段时间，就可以恢复视力。杨树房怀疑院方也被人收买，回家保守治疗。钟玛恪尽妻子的义务，专门在家里照顾丈夫。杨树房眼睛看不见，全凭想象去判断周围事物、揣摩各种与自己有关的事情。他性格变得刁钻古怪，疑神疑鬼无事生非。他认为钟玛欺负他眼睛看不见，仍把不三不四的男人领回家，在他眼皮底下翻云覆雨。每天，他不是把耳朵贴在门框上和墙上侦听，再就是用手掌代替耳廓，捕捉四周任何细小的声音。

那天，钟玛服侍杨树房吃完午饭，就像捧着婴孩，把他托到床上休息。杨树房刚要迷糊，突然翻身下地，蹑手蹑脚，如同打盲拳一样四处抓摸。钟玛问他怎么了。他冷笑一声：“家里进来鬼了！”接着，他到处摸索着抓“鬼”。

做卧底线人时，杨树房都自制监控器材。他眼睛看不见，只用微型录音机取证，记录“抓鬼”实况，一边抓“鬼”一边解说。他手一抡，“啪”地一声扇在“鬼”脸上。他飞起一脚，“噗嗤”一声踢在“鬼”身上。他详细描绘“鬼”的特殊气质、味道成分、呼吸频率和奇怪动作。“鬼”从地上爬上桌子，又从桌子上跨到床上。他一把抓住“鬼”，和“鬼”撕打在一起。他虽然身材和体力不占优势，但是懂力学会用巧劲，又经历过生死较量，很快将“鬼”制服。卧底时为了防身，他随身携带一把解剖用的手术刀。手术刀划破“鬼”的皮肉，他触到了热乎乎的液体，闻到了血腥味。但是，“鬼”不动也不叫。他摸到一个硫酸瓶子，拧开瓶盖，要往“鬼”脸上倾倒，“鬼”仍无动于衷。他突然把瓶口对准自己嘴巴，将一瓶硫酸“咕嘟嘟”地喝下去。“鬼”惨叫一声：“你不能喝呀！”

杨树房笑着对“鬼”说：“你连硫酸和蒸馏水都闻不出来，和我一样，也是个倒霉的替死鬼。”“鬼”这才呻吟着哀求：“反正你的眼睛看不见了，也扎我一刀报了仇，放我走吧。”杨树房故意对“鬼”说：“我的眼睛根本没失明，只是不想看到眼前的一切。开始，我是睁一只眼闭一只眼，后来把两只眼睛都闭上了。现在，我眼不见心不烦。我不想知道你是谁，抽屉里有药和纱布，你把伤口包扎一下就走吧。”那“鬼”开始忏悔，说：“老杨，你就把眼睛睁开吧……”杨树房的眼睛突然复明，被眼前的人吓了一跳：“是你？”

“鬼”不是别人，是曾经把杨树房往死里整的正教授，现在研究所所长！正教授跪在地上忏悔，像热烈鼓掌一样猛扇自己耳光，完全不顾手臂上不住淌血的伤口。他说早在当年，就看上了高大美丽的钟玛。他对杨树房种种令人发指的迫害，都是因为武大郎娶了潘金莲而吃醋。正教授一边哭一边说：“我们两个人，都在钟玛身上实现了各自的梦想，又都为钟玛而受伤……”杨树房又是没想到，害得他一辈子徘徊在死亡边缘的正教授，一直都没放过他！正教授不断给他制造危难，一直在肆无忌惮地伤害他！正教授哪里是忏悔？而是喜极而泣！

杨树房历数正教授的种种恶行，对他进行严正的声讨和无情鞭挞。正教授“呜呜”哭得像孩子，猥琐得如同小白鼠，在接受杨树房的灵魂切片。他做出承诺，一定把杨树房调回原单位，恢复高职称。但是，杨树房必须答应两个条件：一、永远保守他和钟玛私通的秘密；二、他和钟玛之间的任何事情，他不得干预。

杨树房无法忍受奇耻大辱，愤然举起手术刀。就在手术刀划断正教授颈动脉一瞬间，他灵智蓦然开窍：他所研究的“哺乳动物的嗅觉受体与接收、辨识”机制，都是受基因的影响！他的《再论基因》，正是解开“异性气味相吸、增加免疫性”的万能钥匙！他早已在著作中论证：“人与人的差异是由单核苷酸多态性（ＳＮＰ）所决定，每个人都拥有惟一的ＭＨＣ组织，并立于第六染色体上，同时决定每个个体各自的气味特征……”他的论文略加修改，就可公布于世。他慢慢地收回解剖刀，松开正教授，毫不犹豫地在协议书上签了字，并按下手印。

正教授将杨树房调回研究所，恢复高级职称，在经济上进行补偿，安排了住房。他为杨树房做完这一切，因为生活腐化和贪污等问题，被隔离审查。杨树房当上了研究所所长，正准备大干一场时，他也受到正教授牵连，耽误了论文的发表。当钟玛知道丈夫和正教授之间的肮脏交易，毅然和他办理了离婚手续。

杨光接到那所著名大学录取通知书的那天，美国的理查德．阿克塞尔和琳达·Ｂ·巴克，由于发现气味受体和嗅觉系统组织，被瑞典卡罗林医学院授予该年度的诺贝尔生理学和医学奖。杨树房这才知道，他在狱中已经完成了《再论基因》时，他们的研究才刚起步。当杨树房背着《再论基因》书稿，艰难地徘徊在各大出版社门前，被编辑们取笑羞辱时，他们才刚刚在科研上取得初步进展。

当杨树房静静地躺在太平间冰柜里时，在北京建外的某座写字大楼里，正在举行一场“嗅觉相亲”的派对。一个星期之后，十六对“嗅觉相亲”成功的男女，进行了首次见面。见面后，有十二对男女再一次接纳了彼此。主办方打算，接下来再利用嗅觉举办一些沙龙，“让喜欢彼此气味的男女先从朋友做起。”杨树房最后留给世间的，就是刊登在晚报上“社会广角”专栏里的“死后无偿捐献角膜”的遗嘱。医生检查，他的角膜已经严重病变，根本不适宜移植。杨光处理完爸爸的后事，把房子等一切财产，全部捐献给了慈善机构。他到墓地和爷爷告别，一路风餐露宿，到京城那所著名的大学就读。这一年，他还不满十三岁。