与妻子团聚不久，周恩来在陈赓的护卫下，躲过敌人层层搜查，乘坐英国轮船前往武汉。在中共五次全国代表大会以后，他先后被选为中央委员、中央政治局委员，并任中央秘书长。后来，中央秘书长一职改由李维汉接任，他转任中央军事部长，直接负责中共中央的军事工作。

　　七月中旬，中共中央排除陈独秀的机会主义领导，成立了临时政治局，并宣布中国共产党人坚决反对武汉国民政府日趋反动背叛革命的政策，退出武汉政府，继续不妥协地和新旧军阀、帝国主义进行斗争。改组后的中央决定了三件事：发动南昌起义、秋收起义和召开中央紧急会议。

　　于是，身着朴素中山装、手提黑皮包的周恩来，辗转九江来到南昌，住在民德路花园角二号朱德的寓所。

　　老友重逢，周恩来与朱德不禁想起了五年前德国柏林的初次相见。这次在决定中国革命命运的前夕又走到一起，他们兴奋异常，彻夜长谈。朱德摊开南昌市区图，向周恩来详细介绍了敌军在南昌的兵力部署情况，周恩来认真地聆听着，思索着……

　　七月二十七日，位于市中心洗马池的江西大旅社里，被庄严肃穆的气氛所笼罩。周恩来正在这里召集有关发动武装起义的重要会议。根据中央决定，成立了以周恩来为书记的中共前敌委员会。会议决定在七月三十日晚举行武装起义。

　　起义的主力部队是国民革命军第二方面军。中国共产党人在大革命时期所能掌握和影响的武装力量，主要集中在这支部队里。值得历史记载的是：后来中国人民解放军十位元帅中的五位、十位大将中的六位，都集中在第二方面军内。

　　五位元帅是：第二方面军暂编第二十军军长贺龙、第二方面军第四军参谋长叶剑英、第二方面军总指挥部上尉参谋徐向前、第二方面军第四军二十五师七十三团三营七连中尉连长林彪、第二方面军教导团特务连准尉文书陈毅。

　　六位大将是：第二方面军第四军二十五师参谋长张云逸、第二方面军第四军直属炮兵营见习排长许光达、第二方面军第十一军二十四师教导队学员班长粟裕、第二方面军第四军十二师三十四团少尉排长徐海东、第二方面军总指挥部特务营文书谭政、第二方面军教导团二连副班长罗瑞卿。

　　第二天，周恩来前往设于子固路的第二十军指挥部，向初次见面的贺龙说：“谭平山给你谈过了吧，共产党人要在南昌举行武装暴动，希望你率领二十军一起行动。”

　　“谈过了。我感谢党中央对我的信任，我只有一句话，赞成！”贺龙激动地说。

　　周恩来传达了前敌委员会关于举行起义的决定，并就起义基本计划征求他的意见。

　　贺龙坚决表示：“很好！我完全听共产党的命令，要我怎么干我就怎么干。”

　　周恩来郑重地说：“共产党对你下达的第一个命令，就是党的前委任你为起义军代总指挥。请你立即组织起义军总指挥部并由刘伯承制定起义计划。”

　　二十九日上午，正当起义准备工作秘密进行的时候，突然接连收到中央代表张国焘的两份密电，说什么暴动宜慎重，无论如何要等他到了再作决定，企图阻挠起义。

　　七月三十日早晨，前委召开紧急会议。刚到南昌的张国焘在会上强调：“起义如果有成功的把握，可以举行，否则不可动；应该征得张发奎的同意，否则不可动。”

　　“哈哈……什么都预备好了，哪里现在还讨论。”最早提出起义建议的李立三笑着说。

　　“起义决不能停止，起义的准备工作，必须抓紧进行。”周恩来明确表示了自己的态度。

　　“暴动断不能迁移，更不可停止。”“张发奎已被汪精卫包围，决不会同意我们的计划。”“在客观上应当是我党站在领导的地位，再不能依赖张发奎。”前委几个成员也都表示反对。

　　张国焘一看受到如此强烈的反对，便拿出尚方宝剑来压人：“这是国际代表的意见。”

　　平时待人温和的周恩来此时再也忍不住了，他拍着桌子对张国焘说：“国际代表及中央给我的任务是叫我来主持这个运动，现在给你的命令又是这样，我不能负责了，让我即刻回汉口去吧！”

　　激烈的争论持续了几个小时，因张国焘是中央代表，不宜举手表决，所以会议无果而终。散会后，谭平山气愤地说：“张国焘成事不足败事有余，干脆把他绑起来算了。”

　　周恩来制止道：“张国焘是我们党中央的代表，怎么能随便绑呢？”

　　张国焘知道李立三是门大炮，扳倒他就好说服别人，会后便立即与他个别谈话。说来说去李立三就是一句：“一切都准备好了，时间上已来不及作任何改变！”

　　三十一日早晨，前委继续开会，又辩论了几个小时。最后张国焘说：“既然大家一致意见要暴动，我少数服从多数。”

　　周恩来见张国焘屈服了，怕夜长梦多，就说：“起义的准备已进入最后阶段，我看事不宜迟，干脆就在今夜行动。”

　　“可以，我完全赞成。”谭平山迅速响应。

　　傍晚，南昌市主要街道布上了起义军的岗哨。起义部队的口令是“河山统一”，起义战士左臂缠上白毛巾作标记，手电、马灯贴上红十字的记号。此时，周恩来和几位领导正围在敌我态势图前，认真审查起义的战斗方案，灯光映照着他们坚毅自信的脸庞。

　　“铃——”电话铃声急促地响了起来。周恩来拿起电话听筒：“喂，哪位呀？”

　　“我是贺龙……”

　　原来第二十军第一团一个正在执勤的战士，发现他们团一个姓赵的副营长鬼鬼祟祟地钻进章江路的敌军第五方面军总指挥部告密。

　　面对这一突如其来的意外情况，周恩来很镇定。他和大家商议后当机立断：将武装起义的时间从原定的凌晨四时提前到凌晨二时。

　　历史的时钟指向八月一日二时整。

　　叭！叭！叭！三颗红色信号弹划破了宁静的夜空。由周恩来领导的具有伟大历史意义的南昌起义爆发了。枪声呼啸，喊声震天，起义军战士潮水一般地从四面八方扑向敌人。此刻，周恩来在松柏巷天主教堂附近的一所学校里，领导着这场伟大的斗争。

　　战斗打响后，代号为“炮兵营”的指挥部，电话连续不断地报告各处的进展情况。周恩来眼睛盯着地图，手里拿着电话，不失时机地指挥着各路起义大军。

　　贺龙、刘伯承指挥的第二十军第一团和第二团向朱培德第五路军总指挥部发起进攻。设在藩台衙门朱培德总部的一个警备团，由于事先得到叛徒的告密，已有所准备。战斗开始时，敌人凭借优越的地形，用猛烈的火力封锁着起义军的必经之路——鼓楼。起义军战士奋不顾身地爬上房顶，从侧面登上鼓楼，占领了制高点，以居高临下的猛烈火力把敌人压进总指挥部内。敌人又利用坚固的房屋和一座高楼负隅顽抗，于是起义军和敌人展开了激烈的巷战。

　　贺龙的指挥部和隔街相望的敌第五路军总指挥部不到二百米，敌人集中火力向这里扫射。只见贺龙冒着弹雨站在指挥部的石阶上，指挥一支部队顶着敌人的密集火力，从正面大门发起冲锋；指挥另一支部队从敌人背后抄小道翻墙冲进去，历经三个小时的激战，终于把敌人压到院子里，一个团全部缴械投降。那个告密的叛徒混在俘虏队伍里妄图溜掉，结果被起义军认出来，得到了应有的惩罚。

　　在顺化门外，负责解决敌第九军第七十九团的是第二十军教导团和第六团。头天下午，教导团团长以换防为名率领干部“拜访”敌军团长，进入敌第七十九团驻地“小营盘”，侦察了敌情和地形。晚饭后，穿着白衬衣的敌军士兵在操场游戏，起义军战士围在那里看热闹。午夜，南昌城头枪声三响，教导团和六团迅速包围了敌人。一个总队从正门冲进去，大部越墙而过，吓得敌人魂飞魄散，除少数抗拒者被击毙外，整团人马就这样稀里糊涂地当了俘虏。

　　在松柏巷一带，叶挺指挥的第二十四师第七十一团与敌第六军第五十七团展开了激战。驻天主教堂的敌人听到枪声，仓皇应战，刚走到松柏巷口就遭到起义军的迎头痛击，只得龟缩回去。敌人关起大门，凭借坚固的掩蔽物进行顽抗。第三营参谋黄英率领一个连将敌人包围在楼上，一面用火力猛攻，一面喊话劝降。敌人终于支持不住，便吹起了“敬礼号”缴械息兵。

　　与此同时，第二营在营长廖快虎率领下攻占了匡庐中学。这里的敌人在起义军猛烈的攻击下，如惊弓之鸟企图翻越城墙逃跑，却遭到早已潜伏在城墙上的工人纠察队和公安局警士的阻击。敌人突围不成，又退回原来驻地，二营战士将这股敌人步步紧逼，团部又派来机枪排参加战斗，经过激烈的巷战，敌人终于缴械投降。随即令其在大操场集合，由政工人员宣讲南昌起义的意义及有关政策，被感化的俘兵当场要求加入起义军。

　　第二十四师第七十二团和一直跟随北伐的一支广东农军，负责歼灭敌第三军的第二十三团和二十四团。第七十二团第三营巧妙地接近敌第三十四团，在广东农军的配合下，一举歼灭了敌人。刚解决战斗，敌军指挥部来电话询问情况，起义军风趣地回答：“二十四师在此接防完毕！”

　　驻在贡院后面的敌第二十三团遭到攻击后，沿湖边向北溃退，被埋伏在水观音亭的起义军密炽的机枪火力截住了，退敌企图夺路突围。第二十四师教导队中队长陈守礼带领十几名学生兵，英勇顽强地打退了敌人一次又一次冲锋。在短兵相接的激战中，起义军的几个战士牺牲了，陈守礼也连中数弹倒下。在这紧急关头，二营营长李鸣珂率领增援部队赶到了，把妄图夺路逃窜的敌人打回去，予以全歼。

　　起义军消灭了敌卫戍司令部的警卫部队，打开监狱救出一百多名“政治犯”。这些爱国青年和革命志士获得了自由，他们眼里噙着泪花，放声高呼：“中国共产党万岁！”“打倒蒋介石！”“打倒汪精卫！”很多人参加了起义军，迅速拿起枪投入战斗。

　　红日东升，朝霞满天。枪声由逐渐稀疏到零落几声，最后完全停止了。从午夜二时到六时，历经四个多小时的激烈战斗，全部解决了驻南昌市内和近郊的敌军。

　　起义胜利了！鲜艳的红旗在总指挥部的五楼上高高升起。起义军排着整齐的队伍，背着缴获的枪支，押着一群群俘虏，雄赳赳气昂昂地行进在大街上。战士们脸上闪耀着胜利的微笑，蓝灰色的军装映衬着红领带，显得格外威武雄健。

　　总指挥部门前熙熙攘攘挤满了人，有起义军官兵，有党政工作干部，也有许多群众，于是非正式地举行了一次集会。门前的石阶就是“主席台”，起义军领导同大家见面，周恩来在一片热烈的掌声中登上石阶。他英姿勃发，向大家连连挥手。等会场静下来了，他以坚定、洪亮的声音说：

　　“革命靠军阀的部队是靠不住的，我们必须建立自己的武装来打倒反革命。现在，我们起义成功了。从此，这里的军队归共产党领导了……”

　　南昌起义胜利后，中共中央根据共产国际的指示，立即南下，准备占领广东，取得海口，以求得到国际援助，俟机举行第二次北伐。

　　起义军踏上南征之路后，由于敌人围追堵截，加上天气酷热，山路崎岖，部队减员严重。八月二十六日和三十日，起义军经过两场恶战，终于占领了瑞金和会昌，随后在会昌进行休整。

　　九月十九日，起义军占领广东的三河坝，在那里实行了分兵：由朱德率领第十一军二十五师等部留守三河坝，以监视梅县的钱大钧部，掩护全军转移。而后隐蔽北上，穿山西进，去湘南；由周恩来、贺龙、叶挺、刘伯承等率领第二十军和第十一军二十四师直下潮汕。

　　起义军顺汀江下韩江，南下占领汕头。由于敌强我弱，寡不敌众，在揭阳北部的山湖地区一战，起义军失利，部队死的死、伤的伤、散的散，周恩来和前委机关率部撤退。

　　十月三日中午，起义军领导在普宁流沙教堂西侧厅开会。这是轰轰烈烈的南昌起义的最后一次起义。此时，周恩来身患恶性疟疾，脸色苍白。由于高烧不退，他已经病得不能动弹了，一直处于昏迷状态，是用担架把他抬来开会的。

　　背靠柱子的周恩来首先发言，他分析了失败的原因：“第一是我们的战术错误，我们的情报太疏忽，我们太把敌人轻视了。其次是在行军的途中，对于军队的政治工作懈怠了。再次是我们的民众工作犯了极大的错误。”

　　周恩来作了检讨后指出：“将部队撤到海陆丰，和彭湃领导的农民武装相结合，作长期革命斗争的准备。非武装人员愿留的留，不愿留的就地分开，由当地农会会员带路向海边疏散，然后走水路撤往香港或上海。”

　　叶挺总结了教训后说：“到了今天，只好当‘流寇’了，还有什么好说的！”

　　贺龙从嘴里拔出烟斗：“我心不甘呢！我要干到底，让我回湘西吧，我要卷土重来！你们信不信，不出两三年，我贺龙就会浩浩荡荡地拉出一支队伍来！”

　　最后，周恩来带着虚弱的声音坚定地说：“失败是暂时的，部队没有了，我们可以重新去招兵买马。我将不离开部队，一起去海陆丰，在那里树起苏维埃的旗帜。”

　　周恩来安排国民党左派人士张曙时、姜济寰等先行疏散，随后又安排张国焘、李立三撤离。张国焘、李立三过意不去，一个劝周恩来一起走，一个想留下协助周恩来掌管部队，但都被周恩来拒绝了。

　　张太雷离开部队后，安全转移到广州。李立三、张国焘、贺昌被农会的向导带到陆丰甲子港，花一百块大洋租船去了香港。吴玉章与部队失散以后，遇到谭平山，在这个广东佬的带领下安全走到海边，然后搭民船去了香港。贺龙、刘伯承、林伯渠、廖乾五，在彭湃夫妇和当地农会的帮助下，也租船去了香港，随后部分同志转移到上海……

　　当大部分起义领导人脱离险境的时候，周恩来身边只剩下叶挺、聂荣臻两员大将。也就是说给他担任警卫的，一个是未来的新四军军长，一个是未来的共和国元帅。然而，周恩来的处境依然十分危险，他们三个人只有一支手枪！而国民党的军警和地主武装在巨额赏金的驱使下正在拼命地搜寻他们的踪迹。

　　躺在担架上的周恩来高烧不下，常常处于昏迷状态。有一次他刚从昏迷中醒来，就问身边作护理的一位女同志：“不知道邓颖超有没有消息？”

　　这位女同志回答：“到上海了。”

　　周恩来又问：“你怎么知道的？”

　　“消息确实。”

　　“那太好了。”周恩来高兴地问那位女同志，“你有男朋友吗？”

　　“有，是个地下党员，在湖南。”

　　“好！只要你们相爱，总会找到他团聚的。”周恩来的话既是对那位女同志的慰藉，也表示着自己执著的信念。 

　　他们从枪林弹雨中突了出来，经陆丰县东南的南塘镇向湖东村的方向转移。在以芭蕉为背景的薛氏祠堂，周恩来听地方负责同志杨石魂说南塘区委已转移到兰湖村，遂决定向兰湖转移。

　　周恩来刚刚离去，闻到风声的敌人就马不停蹄向湖东村赶来。敌人扑了个空，便恼羞成怒地烧了薛氏祠堂，落入敌手的薛洪如不幸牺牲。

　　当时，兰湖是一个只有七户人家的小村落，周恩来、叶挺、聂荣臻住在地下党员郑仲的家中。杨石魂发现村前不远处姓戴的地主豢养了一帮武装民团，心中十分不安。当他听说南塘区委书记黄秀文的老家背靠琐城岭，面临大海，是一个隐蔽、出海的好地方，于是决定把周恩来转移到琐城岭下的黄厝寮村。

　　就在周恩来向郑仲一家告别时，突然传来“砰砰”两声枪响。在这危机关头，周恩来却泰然处之地与郑仲夫妇继续交谈。他从身边拿起一条军用毛毯，对郑仲夫妇说：“多谢你们的精心照顾，这毛毯就送给你们作个纪念吧！”

　　在到达黄厝寮村的第二天早晨，叶挺问黄秀文：“黄书记，你能找到陆丰县委的关系吗？”

　　黄秀文回答：“找得到，县委设有秘密交通站。”

　　“那就请你向县委报告，设法请个可靠的医生给周恩来同志治病；另外再派人去雇两条去香港的船。”叶挺回头征求周恩来的意见，“你看这样好不好？”

　　周恩来回答：“雇船可以，不过请医生，我看就不必麻烦县委了。我的病不要紧，行军打仗还能捱过，何况现在的环境比过去好多了。”

　　叶挺断然道：“不行！你已经被折磨得够戗了，应该赶快诊治！”

　　“养病如养虎，还是治病要紧。这里比较安全，晚走两天没有关系。”聂荣臻也从旁力劝。

　　周恩来在交通站进行了五天的治疗，待病情稍有好转便返回黄厝寮。他们在黄秀文家又住了两天，待风小浪低后，便乘坐帆船往香港转移。据说当时正赶上敌人搜查，是黄秀文的父亲用船帆裹着周恩来的身体，把他扛到船上去的。